このケースは明らかに労働基準法違反となります。労働基準法第４条は、「使用者は、労働者が女性であることを理由として、賃金について、男性と差別的取扱いをしてはならない」と、男女同一賃金の原則を定めています（募集、採用、配置、昇進、教育訓練などの賃金以外についての性別による差別は、男女雇用機会均等法で禁止されています）。基本給が男女で異なる、男女別の賃金表を定める、男性にだけ家族手当を支給する、などといった取扱いはもちろん違法です。それだけでなく、女性は能率が悪い、勤続年数が短い、主たる生計維持者ではない、といった社会通念またはその事業場における一般的実態を理由とする賃金差別も、「女性であることを理由として」いることになり、違反となります。
　 また、４条は女性を男性よりも有利に扱うことも禁止すると考えられています。したがって、ご質問のように女性にだけ結婚祝金を支給することも違法となります（結婚祝金は、就業規則等で支給条件が明確になっていれば、労働基準法上の「賃金」となります）。このような規定は、ひと昔前だと「女性は結婚したら退職するもの」という考えのもと、せん別として支給することを想定して設けられていたようです。しかし、今どきそんな規定が残っているなんて、時代錯誤もいいところです。