使用者（お店の側）には、労働時間を把握する義務があり、タイムカードはそのための重要な手段となっています。タイムカードを押し忘れたからといって、実際には働いているにもかかわらず欠勤扱いにすることは許されません。しかし、タイムカードの押し忘れは職場規律・職場秩序を乱すものであり、懲戒処分の対象とすることは認められます。使用者が懲戒権を行使するためには、

(1)就業規則に懲戒事由と懲戒の種類が定められていること
(2)違反行為と処分の重さの釣り合いがとれていること
(3)適正な手続きがとられること
(4)就業規則で規定するより前の違反に対する処分や、一つの違反に二重の処分をしないこと

といった原則を満たすことが必要です。さらに、減給の処分をするためには、労働基準法第91条により、１事案につき平均賃金１日分の半額以内、総額が１賃金支払期の10分の１以内と上限額が定められています。

　ご質問のケースを考えてみます。就業規則に懲戒に関する規定があったとすると、金額的にも１回５００円であれば91条違反となることもないでしょうし、違反行為に対して処分が重過ぎるとも言えないと考えられるので、問題はないことになります。
　なお、「１回５００円」という定め方は、違約金や損害賠償額を予め定めることを禁止する労働基準法第16条に違反するのではないか、との考え方もあるようです。しかし、労働契約の不履行に対する違約金と、職場規律違反に対する懲戒とは、そもそも性質の異なるものであり、91条の制限を満たしていれば問題はないと考えます。