まず、通勤手当とはどんな性質のものなのかを考えてみましょう。意外に思われることが多いのですが、法律上、お店の側には通勤手当を支給する義務はありません。必ずしも実費を支給しなければいけないというわけではないのです。就業規則（賃金規程）や個別の労働契約で支給することを定めることによって、はじめて権利義務の関係になるのです。一般には申請した通勤経路の定期券代を支給するケースが多いかもしれませんが、実費の半額を支給、上限額を設ける、まったく支給しないなど、支給するかしないかも、いくら支給するかも、契約の内容しだいとなります。ご質問のケースでは、通勤手当の支給額の〝計算方法〟として１ヶ月定期券代相当額とすると定められているだけで、必ず１ヶ月定期券を購入しなければならない、となっていないのなら、自己の努力で３ヶ月定期券を買ってちょっと得するのも許されるでしょうし、反対に毎日切符を買って損をするのも（そんな人はいないでしょうが）本人の勝手となるでしょう。
　 これが仮に、実際とはまったく違う遠回りの通勤経路を申請していたとしたら、明らかな不正受給となります。虚偽の申告をしたことは、お店に対する背信行為にあたります。この場合、差額の返還と懲戒処分を受けても仕方ないでしょう。しかし、ご質問のケースでは、不正とまでは言えないでしょうし、ましてや出勤停止の懲戒処分は重すぎでしょう。