「通勤手当は、通勤に要する実費を支給されて当たり前」と思い込んでいる方が多くいます。しかし、法律上、通勤に要する費用は、本来労働者が負担するものとされています。そのため、通勤手当の支給は、使用者（お店の側）に義務づけられているわけではありません。支給対象者や支給額の計算も、使用者がその通勤手当にどんな意味を込めているか、どんな理念で支給しているか次第となります。
　通常、基本給等の月給は、「１ヶ月すべての所定労働日・所定労働時間に過不足なく勤務した場合に、満額を支給」されることになっているでしょう。ですから、１時間遅刻したら１時間分、１日欠勤したら１日分を満額の月給からカットされることになります。通勤手当についても、「１ヶ月すべての所定労働日・所定労働時間どおりに勤務して、はじめて満額の１ヶ月定期券代を支給」との意味を込めているのだとしたら、同様のカットも理にかなったものとなります。
　したがって、ご質問のような計算方法の契約も、ただちに違法とはいえないでしょう。