労働基準法41条２号に定められる「管理監督者」は、労働時間、休憩、休日に関する規制の対象外とされています。そのため、法定労働時間を超えて働かせても、割増賃金（残業代）を支払う義務がありません。ファーストフード店の店長が管理監督者に該当するかどうかを争われた裁判は、大きな話題になりました。
　「管理監督者」と認められる判断基準については、行政や裁判所からいくつか示されています。その中に、「勤務態様」について「労働時間の規制になじまないような立場にあり、出退勤について厳格な規制を受けず、自己の労働時間について裁量を有する者」というものがあります。遅刻や早退に対して賃金カットをしていたケースで、管理監督者と認められなかった裁判例もあります。この点から考えると、残業（労働時間の超過）に対する割増賃金が無い代わりに、遅刻や早退（労働時間の不足）についてのカットも行わない、と考えることができます。
　しかし、「労働時間についての裁量」と「出欠の自由」とは、異なるものです。そう考えると、欠勤に対する控除は可能ということになります。ただし、欠勤控除については、明確な基準が確立されていないため、「遅刻・早退と同様に控除するべきではない」「１日、２日の欠勤で控除するのではなく、ある日数以上欠勤した場合にだけ控除するべきである」などの考え方もあります。
　したがって、ご質問のケースは、欠勤控除そのものは有効となる可能性はあります。ただし、会社側は、きちんと就業規則でルールを明確化しておくべきでしょう。