欠勤した後で休日出勤をしたら、出勤日数は変わらないのだから、皆勤手当をカットされるのはおかしい、とお考えになるのも分かります。しかし、皆勤手当の支給は法律で義務付けられているわけではなく、支給基準や支給額は就業規則や労働契約の定め方次第ということを理解しなければいけません。例えば、「遅刻、早退、欠勤が無かった場合、皆勤手当○○円を支給する」という規定になっていたなら、ご質問のケースでは、不支給になっても仕方ありません。なぜなら、欠勤をした後に、いくら穴埋めで休日出勤をしたとしても、欠勤をした事実が消えるわけではないからです。もちろん、「穴埋め出勤をした場合には皆勤手当を支給する」という規定になっているなら、支給されることになります。したがいまして、皆勤手当が支給されるかされないかは、あなたのお店の皆勤手当に関する規定次第ということになります。
　ところで、欠勤の事実が消えないのと同様に、休日出勤の事実も残るわけですから、その休日労働分の賃金は、きちんと支払われなければいけません。「欠勤」に対しては、皆勤手当の不支給かつ１日分の欠勤控除、「休日出勤」に対しては、休日労働分の賃金を加算、とするのが正しい給与計算となります。また、欠勤控除の計算は通常の賃金（1.00倍）ですが、休日労働分は、その週の労働時間が法定労働時間の40時間を超えていれば、1.25倍の割増計算が必要です。または、休日労働によって、その週に１日も休日が無くなったとすれば、法定休日労働にあたりますので、1.35倍の割増計算が必要です。
　欠勤後に穴埋めで出勤したらチャラにするというお店もあるようですが、「欠勤の事実」と「休日出勤の事実」は、分けて考えるべきです。