この問題は、よく起こりそうなことですが、意外と奥深い考察が必要です。
　まず、年次有給休暇（年休）を取得した日の賃金については、労働基準法において、（1）労基法12条にもとづく平均賃金 （2）所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金 （3）健康保険法で定められる標準報酬日額（ただしこの場合は、労使協定が必要）のいずれかを選択して、就業規則等の定めるところにより支払わなければならないとしています（労基法39条7項）。
　このうち、「通常の賃金」とは、通常の出勤をしてその日の所定労働時間を労働した場合に支払われる賃金を通常どおり支払うことです。月給制の場合、実務的には、いったん休暇日の賃金を控除して、あらためて「通常の賃金」を加算するのではなく、通常の出勤をしたものとして、プラスもマイナスもしないことになります。ご質問では、基本給等の月額がそのまま支給されているとのことですので、このお店では「通常の賃金」が選択されているのでしょう。そうすると、通常の出勤をした場合に支給されるはずの1ヶ月定期券代相当の通勤手当について、日割でカットすることは許されないことになります。
　一方、通勤手当も労働基準法11条に定義される「賃金」であるものの、基本給等とは性質が異なり、確かに「実費的」な要素が大きいとも考えることができます。
　ここで参考となりそうな裁判例を引用すると、年休を取得した場合に精皆勤手当を不支給とする規定について、「労働者が現実に出勤して労働したことの故に支払われる実費補償的性格の手当（たとえば、通勤費の実額支給を内容とする通勤手当など）でない限り、年休制度の趣旨に反する」と示されています（大瀬工業事件・横浜地判昭和51・3・4）。これは、裏を返せば「実費補償的性格の手当」であれば、年休取得日に不支給とすることは制度趣旨に反しないと言っているのです。
　以上を踏まえますと、ポイントとなるのは、その通勤手当が、現実に出勤して実額を支給される「実費補償的性格の手当」に該当するかどうかです。ご質問のように、1ヶ月の所定労働日数にかかわらず、月額いくらで支給されている通勤手当は、「実費補償的性格の手当」にはあたらないでしょう。つまり、ご質問のケースは、違法と判断される可能性が高いと考えられます。
　仮に、通勤手当の計算方法が、もともと「出勤した1日につき○○円」と定められていたり、通常は月額制でも「1ヶ月の出勤日数が○○日以下の場合には、出勤した1日ごとに計算する」となっていたりするのであれば、「実費補償的性格の手当」と認められる余地はあり、年休取得日に不支給とすることも認められる可能性はあります。
　なお、前述の労基法で認められている選択肢のうち、（1）平均賃金や（3）標準報酬日額には、計算過程に通勤手当も含まれるのだから、「通常の賃金」の場合だけ除外するのは整合性に欠けるじゃないか、という指摘もあります。しかし、それを言えば、平均賃金や標準報酬日額には、残業手当等が含まれるのに、「通常の賃金」には含まれません。したがって、法律はそもそも、これら3つの選択肢にそれほどの整合性は求めていないと考えられます。