多くの企業では、通勤に要する費用を、通勤手当として支給しているでしょう。しかし、通勤手当は、法律上、当然に支給が義務づけられているわけではありません。支給するとしても実費全額を支給する必要はなく、就業規則（賃金規程）や労働契約で定められた計算方法で支給すればよいのであり、支給額に上限を設けることも問題ありません。なお、就業規則や労働契約で支給条件が明確に定められたものは、通勤手当も労働基準法で定義される「賃金」にあたり、賃金に関する法規制の対象となります。
　ご質問のケースも、一ヶ月の通勤手当の上限額が定期券代相当額という計算方法になっているのであり、法律上は問題ないことになります。定期券を買っていなくて、実際に負担した費用が通勤手当を上回ったとしても、お店はその差額を支給する義務はありません。
　とは言え、もしもお店が忙しかったり人手不足だったりして、頼まれて通常より多くシフトに入ったのに、かえって負担額が多くなるというのでは、それは酷な話です。お店側は、その状況を考慮して、柔軟に対応するべきでしょう。