なんとなく損しているようなお気持ちは分かります。しかし、あなたのお店の就業規則（賃金規程）において、途中退職の日割計算方法が、「在籍日数／暦日数」となっているなら、そのルールを適用しただけのことであり、お店側の対応に問題はありません。
　例えば、土日が所定休日の一般的な事務職の会社を想像してみてください。この会社で、同じ「○月15日付退職」であっても、月によって曜日の巡り合わせは異なるので、土日の日数が、ある月は「4日」になり、ある月は「5日」になります。それでも、前述のようなルールになっているなら、同じ日割計算をすることになります。
　もっと言えば、この同じ会社で月末に退職する場合も月によって土日の日数は異なります。それでも退職月の給与は、月給満額が支払われますよね。「休日の少ない月に退職したら損だ」と考える人はいないでしょう。
　そもそも、「月給制」とは、所定休日の日数にかかわらず、1ヶ月間、遅刻や欠勤等がなく賃金計算期間において、契約どおりフルに働いた場合に、満額支給されるという制度です。「日割計算」についても、在籍日数をベースにするなら、同じことが言えます。「月給制」「日割計算」ともに、そういうものだと理解するしかないでしょう。

　従業員間で不公平感を生じさせないために重要なことは、就業規則で途中入退社における日割計算のルールを、明確に定めておくことです。