ご質問の一つ目は、法的に問題ありません。二つ目については、解釈の問題となりますが、店長の言い分は、ちょっと苦しいですね…。
　深夜時間帯である、22時から翌朝5時までに労働させた場合、使用者（お店の側）は、通常の賃金の25％を、割増賃金として加算して支給しなければなりません。この点に関して、行政通達により、「深夜の割増賃金を含めて所定賃金が定められていることが明らかな場合には別に深夜業の割増賃金を支払う必要はない」と示されています。したがって、「深夜手当込みで時給1500円」という表記（本質的には、1200円が通常の賃金、300円が割増賃金）も、問題はありません。
　一方、「研修期間中100円引き」という表記については、求人広告に1200円という表記がまったく無く、1500円という数字だけがあったのなら、1500円の100円引きで1400円と解釈するのが、普通でしょう。店長の言い分も、成立しないわけではありませんが、それだったら最初から、求人広告のどこかに1200円の表示をしておくべきでした。

　労働者の募集等について規制している職業安定法という法律があります。その42条において、「募集内容の的確な表示」として、「新聞、雑誌その他の刊行物に関する広告により労働者を募集する者は、労働者の職業選択に資するため、当該募集に係る従事すべき業務の内容等を明示するに当たっては、当該募集に応じようとする労働者に誤解を生じさせることのないように平易な表現を用いる等その的確な表示に努めなければならない」と定めています。お店側にそのつもりはなくても、働き始めてから「だまされた！」と思われては、従業員のモチベーションを下げることになり、良い仕事はしてもらえなくなります。良い人材に良い仕事をしてもらうためには、求人広告の段階からすでに勝負が始まっていると言えるでしょう。