結論としては、遅刻・早退・欠勤があった場合に、家族手当や住宅手当をカットするのもカットしないのも、どちらも法律違反にはなりません。
　まず、「賃金」の定義から確認しておきましょう。労働基準法では、「賃金」の定義として、「労働の対償として、使用者が労働者に支払うすべてのもの」と定義しています（11条）。「労働の対償」かどうかの具体的判断基準として、就業規則や労働契約で、あらかじめ支給条件が明確にされていて、それに従って使用者に支払義務があるものは、「労働の対償」であるとされ、「賃金」となります。家族手当や住宅手当も、支給基準が明確に定められている場合、法律上の「賃金」にあたります。
　一方、民法の規定では、労働の対価である報酬は、約束した労働が終わった後でなければ請求できないとされています（624条1項）。さらに、期間によって定めた報酬は、その期間を経過した後（月給制なら、その月が終わってから）で請求することができるとしています（同条2項）。つまり、実際に働いた後で、賃金を請求する権利が発生するという、賃金後払いの原則が定められていて、「ノーワーク・ノーペイの原則」はこの条文を根拠にしています。
　遅刻・早退・欠勤による不就労時間があった場合に、その時間分の賃金を月給から差っ引くことを、勤怠控除や賃金カットと呼びますが、厳密には、働いていない時間に対しては、そもそも賃金請求権が発生していないのです。
　もっとも、「ノーワーク・ノーペイの原則」は任意的なものと解釈されていて、使用者と労働者の間で、これとは異なる合意をすることも可能です。欠勤等をしても賃金カットをしない「完全月給制」や、家族手当や住宅手当はカットの対象としない、という企業も存在します。
　かつて、労働法の世界では、賃金を「純粋な労働の対価」部分と、「生活保障的」部分（家族手当や住宅手当等）とに区別して、ストライキによる不就労時間について、「ノーワーク・ノーペイの原則」によりカットできるのは前者だけ、とする説もありました（賃金二分論）。しかし現在ではこの説は支持されていません。
　以上のとおり、家族手当や住宅手当も、支給基準が明確に定められていれば「賃金」であり、基本給等との区別はありません。「賃金」であれば、「ノーワーク・ノーペイの原則」により、働かなかった時間に対しては、請求権が発生しないのが原則です。ただし、この原則は強行的なものではなく、任意的なものであり、例えば生活保障的な手当についてはカットしないという合意をすることも許されるということです。

　不就労時間に対する賃金カットについて、具体的な計算方法は、法律には定められていません。トラブル防止のためには、就業規則等において、カットの対象となる手当も含め、計算方法を明確にしておくべきです。