そもそも、通勤手当は使用者側に法律上の支払義務があるものではありません。どんな計算方法で、いくら支給するかは、就業規則などで定められた労働契約の内容次第ということになります。必ずしも実費を全額支給しなければいけないわけでもなく、例えば「定期券代の半額を支給する」という規定も可能です。ご質問のように、労働者側の都合で選択した負担額が、支給された通勤手当を上回っても問題なしということになります。
　しかし、６ヶ月分が「後払い」状態というのは法律違反です。労働基準法24条に賃金支払いの原則が定められています。その中の一つに、賃金は毎月１回以上支払わなければならないという「毎月払いの原則」があります。６ヶ月の支給対象期間が終わってから「後払い」するのでは、この原則に反しています。６ヶ月間均等に支給するか、労働者側に有利になるよう対象期間の最初の月に「前払い」する必要があります。