年休を取った日に対する賃金の計算方法には、
　 (1)平均賃金（過去３ヶ月間に支払われた賃金を、３ヶ月間の
　 　 総日数で割った金額）
　 (2)通常の賃金
　 (3)健康保険法における標準報酬日額（労使協定が必要）
の３種類が法律では認められていて、どれを選択するかは、あらかじめ就業規則に定めておく必要があります。ご質問のケースは、(2)の「通常の賃金」を支払っていることになります。
具体的な計算は、いったん年休をとった日の賃金を控除してから「通常の賃金」を加算するわけではなく、通常の出勤をしたものとして取り扱うのが、実務的な処理となります。したがって、所定労働時間が短い日に年休を取っても、長い日に取っても、月給からプラス計算もマイナス計算もしないことで、所定労働時間の労働に対する賃金を支払ったことになります。
　 確かに、所定労働時間が短い日に年休を取ると、年休の日数は同じ１日が減るのに、実質的に支払われる賃金は少ないので、損をした気になるかもしれません。しかし、年休は自分で「この日に取りたい」と選択した日に取るものですので、損得を持ち出すのもおかしいことになります。仮に、(1)の平均賃金という方法をとったところで、今度は労働時間の長い日に年休を取った方が損となり、やはり有利不利は発生します。