有給休暇は、「有給」という名のとおり、使用者（お店の側）は、取得日に対して賃金を支給しなければいけません。労働基準法にもとづく年次有給休暇（年休）を取得した日に対する賃金は、(1)労基法12条による平均賃金 (2)所定労働時間に対して支払われる通常の賃金 (3)健康保険法に定める標準報酬日額、の3つのうちいずれかを、あらかじめ就業規則等で定めた上で支給しなければなりません（(3)の場合には労使協定の締結も必要）。月給制の場合には、通常の賃金（賃金計算上は、休暇を取らず出勤したのと同じ処理）が一般的ですが、1日の所定労働時間がまちまちな時給制アルバイトには、平均賃金を選択しているお店も多いでしょう。
　平均賃金とは、直近の3ヶ月間に支払われた賃金総額を、3ヶ月間の総日数で割った金額です。この分子にあたる「賃金総額」には、通勤手当も含まれます。つまり、計算された「平均賃金」には、通勤手当の要素も含まれていることになります。
　さて、年休取得日に対する賃金を、平均賃金で支給する場合において、もし、通常の通勤手当（この場合、1ヶ月分定期券代）を1ヶ月分満額で支給すると、その日は通勤手当に相当する部分が二重に支払われることになります。この点、行政通達では、「年休取得日に平均賃金を支払う場合において、『月または週によって支給される賃金』があるときは、その『月または週によって支給される賃金』については、その1日あたりの額を差し引いた額を支給すればよい」としています（この通達では、1日あたりの額を差し引かずに二重払いになっても、法律上はもちろん差し支えない、とも付け加えています）。
　したがいまして、ご質問のケースの場合、平均賃金を支給された日は、その中にすでに通勤手当が含まれているわけですから、1ヶ月分の通勤手当から、年休を取得した日数分を差し引いても、違法ではないということです。