年次有給休暇（年休）は、入社日から6ヶ月、その後1年ごとの期間を継続勤務し、各期間の出勤率が8割以上であると、所定の日数が付与されます。しかし、入社日がまちまちな労働者がいる事業所では、年休の発生する日（基準日）を個人ごとに管理するのは大変です。そこで、入社日に応じて、基準日を統一して年休を付与する社内制度を設けることが認められています。基準日統一の方法はいくつかのパターンが存在します。ポイントとしては、法定の基準日より後に（繰り下げて）統一することは許されず、前倒し（繰り上げて）した日か、法定どおりの日を基準日としなければなりません。また、出勤率の算定にあたって、基準日が繰り上げられることによって短縮された期間は、全期間出勤したものとみなさなければならないと、行政通達で示されています。
　ご質問の場合、入社後1回目の基準日には、6月1日から9月30日までの4ヶ月だけで、出勤率の算定が行われるのではありません。残りの2ヶ月については全期間出勤したものとみなして、先の4ヶ月と合わせて6ヶ月間について出勤率を算定します。また、2回目以降の基準日には、直近1年間の実際の出勤日数にもとづいて出勤率を算定します。