結論としては、お店が言っているような、自動的に年休を取得させるルールは法律違反となります。
　たとえば、朝起きたら熱があったので、お店に電話をして「今日は年休を使わせてください」というシーンは、一般に当たり前に受け入れられているようです。しかし、休暇とは、1日を単位とするものであり、1日は0時から24時までの暦日のことをいいます。つまり、年休を取得しようとするなら、遅くとも前日までに、事前に申し出ておかなければなりません。朝起きて電話をしても、その日はすでに始まっているわけですから、事後的な請求となり、年休を取得できないのが大原則です。ただし、使用者（お店の側）の裁量により、本来は欠勤となるところを、事後的に年休への振替えを認めることは、違法ではありません。世間一般の認識とは、原則と例外が反対になっているということです。
　それでは、逆のケースとして、年休が残っている場合には、欠勤ではなく自動的に年休を取得させるというのはどうでしょう。この問題を考える前に、『年休が成立する過程』を確認しておきましょう。
　まず、労働者の側から「何月何日に年休を取ります」と意思表示をすることが、年休成立の第一歩となります。このように労働者が年休を取得したい日を指定する権利のことを「時季指定権」といいます。一方、使用者は、請求された日に年休を取得されると、事業の正常な運営を妨げる場合には、別の日に変更させることのできる「時季変更権」を持っています。労働者が時季指定権を行使した後、それに対して使用者が時季変更権を行使しなければ、そのまま労働者が請求した日に年休は成立します。
　以上のとおり、年休が成立するためには、まず労働者が時季指定権を行使することが必要であり、使用者が一方的に年休を取得させることはできません。したがって、ご質問のようなお店のルールは違法となります。
　ただ、労働者には「年休を取る権利」はあっても、「欠勤する権利」はありません。まるで欠勤と年休を選択できるかのようなルールを運用している職場風土というのも、確かに問題があります。労務管理の観点からすると、お店の側は、欠勤に対して厳しい姿勢を示す（たとえば、人事考課や賞与査定の際、勤怠評価を含めるなど）ことが必要でしょう。