まず、育児介護休業法は、業種や規模を問わず、すべての事業所に適用されるものですので、対象となる労働者が、法定の手続を経て育児休業を取得しようとした場合、お店の側は取得を拒否することはできません。これは、お店に育児休業に関する規程がなくても同じことです。
　次に、育児休業を取得できる対象者についてです。原則として1才（一定の条件で1才6ヶ月）になるまでの子を養育する労働者は、男女を問わず取得できます。ただし、法律上、日々雇用される者（日雇労働者）は除かれています。
　また、期間雇用者（有期契約労働者）については、（1）継続雇用1年以上であること（2）子の1才到達後も引き続き雇用されることが見込まれること（3）子の1才到達日から1年以内に雇用期間が満了し、かつ労働契約の更新がないことが明らかでないこと、の3つの要件を満たした者だけが対象となります。
　さらに、労働者代表と使用者（お店の側）との間で労使協定を締結することで、次の者について、育児休業の適用が除外されます。（ア）継続雇用1年未満の者（イ）育児休業取得の申出日から1年以内（1才6ヶ月までの休業の場合6ヶ月以内）に雇用終了することが明らかな者（ウ）1週間の所定労働日数が2日以下の者
　さて、ご質問の中で、店長は、先述の（ア）のことを指して対象外と言っているのでしょう。しかし、この（ア）雇用期間1年未満の者を対象から除くことができるのは、あくまでも、労使協定を締結した場合に限られます。（これに対し、期間雇用者について、（1）継続雇用1年以上の者を条件とするのは、労使協定がなくても、法律上当然に認められていることに注意が必要です）
　あなたのお店には、育児介護休業に関する規程が無いぐらいですから、労使協定だけ締結しているとは考えられません。一方、初めにお話したとおり、育児介護休業法はあなたのお店にも適用されます。つまり、労使協定がないお店においては、雇用期間1年未満の者であっても育児休業は取得できるということです。