確かに、育児休業の対象者から、「入社1年未満の者」を除外している企業は多いです。しかし、ご質問のケースでは、その場合でも、入社から1年たったところで、育児休業の対象となる可能性はあります。
　育児介護休業法では、一定の労働者を、育児休業の対象から除外することが認められています。その中の一つとして、労働者の代表と使用者（お店の側）が労使協定を締結することによって、「入社1年未満の者」を除外することができます。（そもそも、この労使協定さえ締結していないお店においては、入社1年未満の者でも育児休業を取ることができますので、まずはこの点の確認が必要です）
　問題は、「入社1年未満」を、どの時点で判断するかです。この点については、行政通達により、判断時点は「育児休業申出の時点であること」とされています。子が生まれた日でもなければ、育児休業開始日でもありません。また、育児休業の申出は、育児休業開始日（希望日）の1ヶ月前までにしなければならないというルールがあります。
　したがって、たとえ、入社1年未満のうちに子が生まれた場合でも、1年以上となった時点で育児休業の申出ができ、その1ヶ月後から育児休業を開始することができるというわけです。
　時系列でイメージしていただくために、図をご覧ください。なお、図中の産前産後休業については、「入社1年未満の者」を対象外とするようなルールはありません。

　法律に定められているギリギリ最低ラインは、本文で説明したとおりです。
　問題は、図で空白期間となっている期間について、企業側がどう対応するべきかです。いったん職場復帰ができるのならそれでもよいのですが、本人の事情によっては困難かもしれません。そうすると、欠勤扱いにするのでしょうか。もしかすると、退職を余儀なくされ、去っていく従業員も出てくるのではないでしょうか。
　法律上、育児休業の対象外となった者については、あくまでも「育児休業の申出を拒むことができる」だけであり、「育児休業を与えてはいけない」わけではありません。
　昨今社会問題となっている、労働力不足、多様な人材の活用、次世代育成にかかる企業の社会的責任等を考慮し、柔軟な労務管理をすることも必要ではないかと思います。くれぐれも、有能な人材をみすみす手放すことのないようにしていただきたいところです。