「代休」とは、所定休日に労働をさせた後、その代わりとして別の労働日の労働を免除することです（事前に労働日と休日を入れ替える「振替え」とは異なります）。また、代休は休日労働をさせたからといって、必ず与えなければいけないという義務はありません。代休を与えても休日労働の事実が消えるわけではないので、3月分の給料にはその分の加算がされているはずです。4月になって代休を与えたのは、「本人が希望したから1日分の労働義務を免除した」ということができます。お店が無理やり代休を取らせたのなら事情は変わってきますが、ご質問のケースでは代休を与えた分の賃金を差し引くのは、違法とは言えません。もっとも、「休日労働をしてもらってご苦労様」という意味に考えるならば、その分を差し引くべきではないでしょう。