はい。結論としては、11月にさかのぼって社会保険料免除が開始されます。
　まず、産前産後休業中の社会保険料免除制度について確認しておきましょう。「産前42日（双子以上の多胎妊娠の場合は98日）、産後56日のうち、妊娠または出産を理由として労務に従事しなかった期間」である産前産後休業期間中は、社会保険料（健康保険料・厚生年金保険料）が、本人負担分、事業主負担分ともに免除されるという制度です。休業期間中は、、有給・無給のどちらでもOKです。具体的に免除される期間は、休業開始月から休業終了日の翌日が属する月の前月（休業終了日が月末の場合はその月）までです。手続は、事業主が年金事務所に届け出ることになっています。なお、産前42日（96日）、産後56日は、労働基準法に定められている産前産後休業と一致します。
　もし、出産予定日の42日前から産前休業を開始していた場合において、実際の出産日が出産予定日より遅れたようなケースではどうなるでしょうか。このケースでは、遅れた日数分、産前休業が延長されることになります。一方、実際の出産日が出産予定日より早くなったケースでは、早くなった日数分、産前休業は短縮されることになります。
　しかし、出産予定日の42日よりも前から休業を開始していた場合において、かつ実際の出産日が出産予定日より早くなったケースでは、実際の出産日からさかのぼって、“妊娠または出産を理由として”休業していた限り、最大42日までは産前休業として扱われます。先述のとおり、有給・無給は問いません。
　ご質問のケースに当てはめてみましょう。当初、1月12日が出産予定日だったため、その42日前は前年12月2日だったものの、その前の11月25日～12月1日は有給休暇を取得していました。そして、実際の出産日は予定日より早い1月9日だったため、その42日前は前年11月29日となります。この11月29日には、 すでに妊娠・出産を理由として休暇を取っていたので、11月29日以降、産前休業として扱われます。そうすると、休業開始月は11月分となりますから、保険料は11月分から免除されることになります。11月分の保険料は、すでに給料から天引きされていると思われますので、キチンとお店から返してもらうようにしてください。

　年金事務所への免除の手続は、休業期間中であれば、産前でも産後でも結構です。しかし、もし産前に手続をしていると、ご質問のようなケースでは、出産後に変更の手続をしなければならず、二度手間となります。これを避けるためのテクニックとして、実際に出産してから手続をすれば一度に済ませることができます。ただ、手続が遅れる分、当初の休業開始月の保険料（ご質問のケースでは12月分）もいったんは納めなければならない場合もありますので、ご留意ください。