ヘルプ先店舗で働くための移動中に起きた事故であり、仕事中ではないので通勤災害にあたると思われたのでしょう。しかし、このような場合には、移動自体も仕事中と考え、業務上災害として扱われます。
　労災保険法における「通勤」の定義では、労働者が就業に関して移動することのうちから、「業務の性質を有するもの」を除くこととされています（7条2項）。所属店舗での勤務後に、他店舗でのヘルプ勤務を命じられたのは、業務命令であり、移動そのものも業務に含まれていると言うことができます。
　また、労災保険法において、業務上災害と判断されるためには、「業務遂行性」が認められなければなりません。業務遂行性とは、労働者が労働契約に基づき事業主の支配下にあることです。業務命令によりヘルプ先店舗へ移動している間も、事業主の支配下にあったことになり、業務遂行性が認められます。
　ただし、移動中に私用のために寄り道や遠回りをしていたといった、積極的な私的行為があった場合には、業務遂行性は認められなくなってしまいます。
　以上のとおり、所属店舗で勤務後、業務命令でヘルプ先店舗へ移動中に起きた事故でケガをした場合、積極的な私的行為をしていない限り、通勤災害ではなく業務上災害として認定されると考えられます。
　ところで、ご質問のケースは、同じ会社が経営する店舗間の移動に関してでした。それとは別のケースで、アルバイトのかけ持ちなどで、異なる会社の店舗間の移動だったとするとどうなるでしょう。この場合には、通勤に定義される移動の一つである、「就業の場所から就業の場所への移動」にあたり、通勤災害として認定されることになります（同条同項2号）。

　労災保険の手続用紙は、業務上災害と通勤災害で異なります。「勤務先への移動は通勤だ」と早合点することなく、適切な手続をするようにしてください。