まず、「休職」とはどんな制度なのか考えてみましょう。労働者が、何らかの事情により労働することができなくなった場合に、雇用関係は継続したまま、一定期間の労働義務を免除することを、休職といいます。特に私傷病（業務上の原因ではない病気やケガ）を事由とする休職は、「病気やケガで労務提供義務が果たせなくなることは、本来であれば解雇事由にあたる。しかし、長期雇用を前提とした契約関係なのだから、しばらくの期間は雇用を継続したまま（＝解雇を猶予）療養させて様子を見ましょう。そして、治癒して働けるようになれば復職、働けるようにならなければ雇用関係を終了する」という趣旨で定められる制度です。
　一方、「試用期間」とは、新たに採用した労働者の人物や能力について、従業員としての適格性を判断するための期間です。試用期間の法的性質は「解約権留保付労働契約」とされています。試用期間中または試用期間満了日において本採用拒否することは、留保されていた解約権を行使することであり、解雇にあたります。ただし、通常の解雇よりも、広い範囲で有効と認められます。
　以上を踏まえてご質問のケースを検討します。試用期間の目的である「適格性の判断」には、健康面での見極めも含まれているということができます。また、入社してすぐに病気やケガで働くことができなくなった者について、治癒できるかどうかの様子を見ながら解雇を猶予する必要性は無いとも考えることができます。したがって、「試用期間中は休職規定を適用しない」とする就業規則は合理性があるでしょう。また、試用期間満了時点で労働提供義務を果たせない状態であるなら、本採用拒否が認められる可能性が高いでしょう。