労働安全衛生法において、事業者は、労働者に対し、1年に1回（深夜業従事者は6ヶ月に1回）、定期健康診断を行わなければならないと定められています（法66条、安衛則44条、45条1項）。また、健康診断項目も同法令で定められています。一方、労働者に対しても、事業者が行う健康診断を受診しなければならないと、受診義務が定められています（法66条5項）。ただし、事業者の指定した医師等が行う健康診断を受けることを希望しない場合において、他の医師等が行う法定の定期健康診断に相当する健康診断を受け、その結果を証明する書面を提出した場合には、事業者の行う健康診断を受けなくてもよいことになっています。
　したがいまして、ご質問のケースは、人間ドックの項目が定期健康診断の法定項目を網羅していて、かつ結果の書面を提出すれば、お店の定期健康診断を受ける必要はありません。