就業規則に懲戒委員会に関する規定があるのに、それに従わずになされた懲戒処分は、法律的に無効となる可能性があります。
　使用者（お店の側）が労働者を懲戒する権利は、企業秩序を維持するために持っている権利とされています。ただし、この懲戒権を実際に行使するためには、あらかじめ就業規則に、どんな行為をしたときに（懲戒の事由）、どんな種類の懲戒（減給や出勤停止等、懲戒の種別）が行われるかを定めておき、なおかつ事業所の労働者に周知させておかなければなりません。逆に言えば、就業規則に定められていない行為に対して懲戒をすることはできませんし、定められていない種類の懲戒をすることはできません。また、そもそも就業規則のない事業所では、懲戒処分そのものができないとも言えます。
　次に、いくら就業規則に懲戒規定が定められていて懲戒権を行使できるとしても、その行使のしかたが、権利の濫用にあたる場合には、その懲戒処分は無効となります（労働契約法15条）。具体的には、同じ行為をしたＡさんとＢさんには同じ処分を行うべきであること（平等取扱の原則）、やった行為の重さと処分の重さに釣り合いが取れていること（処分相当性の原則）、弁明の機会を与えるなど手続が適正であること、等が懲戒権の濫用であるか否かの判断基準となります。
　さらに、企業内の懲戒処分は、刑罰法規に似ていることから、「罪刑法定主義」の原則が当てはまるとも考えられています。具体的には、懲戒規定が定められる前の行為について処分をすることはできない（不遡及の原則）、同じ事由について二重の処分をすることはできない（一事不再理の原則）ということです。
　さて、懲戒処分が法的に有効となるための要件は以上のとおりですが、その中の「手続きが適正であること」に注目してください。就業規則に、懲戒処分にあたり「労働組合との協議の上で、」とか「懲戒委員会（懲罰委員会、賞罰委員会等の場合も）を開催して、」といった手続規定が定められていることがあります。こういった手続規定に従わずに行われた懲戒処分は、原則として無効となります。
　「懲戒委員会を開催する」という就業規則の手続規定に違反して行われた懲戒処分について、無効と判断された裁判例が複数あります。
　ただ、裁判例の中には、同様の手続規定に違反したことだけをもって、懲戒処分を無効としなかったものもあります。
　ご質問のケースでは、「懲戒委員会の諮問を経て、懲戒処分を行う」という規定がありながら、それを履行せずに社長の独断で懲戒処分を行ったのだとすると、その懲戒処分は無効となる可能性が高いと考えられます。

　大企業の就業規則を、何も考えずにそのまま流用していると、「懲戒委員会」の規定が入ったままのことがよくあります。しかし、中小規模の企業で、そのような手続きを経ることは現実的には難しいでしょう。
　懲戒委員会の設置は、法律上義務づけられているわけではありません。お店側にとって懲戒処分のハードルが高くなる、このような規定は最初から定めるべきではないでしょう。