入社をするということは、使用者（会社）と労働者が労働契約という名の契約を締結することです。本来、契約とは、当事者間でどのような内容で締結するかは自由なものです。ところが、両者が対等な立場でなければ、お互いが納得いく契約ができなくなってしまう恐れがあります。たいていは、使用者は強い立場、労働者は弱い立場になってしまうものです。すると、労働者は仕事が欲しいがために、「時給100円で働きます」「1日20時間働きます」など、ムチャクチャな契約を結ばされることになってしまいます。そうならないために、労働基準法をはじめとした労働法によって、労働条件の最低基準を定め、使用者がその基準を守ることを強行的に義務付けています。そして、この基準を下回る契約は、いくら同意があったところで無効となり、無効となった部分は法律で定められた基準まで引き上げられることになります。
　 残業をさせた場合は、一定の割増計算をした手当を支払うことが、使用者に義務付けられています。「義務付けられている」とは、たとえ労働者の方が「残業代はいらない」と言っていても、使用者はポケットにねじ込んででも受け取らせなければいけない、ということです。ご質問のような同意書は、無理やり書かされた場合はもちろんのこと、仮にあなたが自分の意思で同意して提出したとしても無効になり、使用者は残業手当を支払う義務があります。